Bartłomiej Stankowiak ukończył podstawową szkołę muzyczną im. Grażyny Bacewicz w Nowej Soli oraz Państwowe Liceum Muzyczne im. Mieczysława Karłowicza w Poznaniu. Odbył studia w zakresie dyrygentury symfonicznej pod kierunkiem prof. Renarda Czajkowskiego w Akademii Muzycznej w Poznaniu, które ukończył w roku 1993. Współpracował z chórem Sonantes Akademii Ekonomicznej w Poznaniu, z którym w ciągu kilkunastu lat koncertował w Polsce oraz wielu krajach europejskich. Pracuje w Instytucie Muzyki Uniwersytetu Zielonogórskiego. Z chórem tego Instytutu wielokrotnie występował w kraju i zagranicą, prezentując zarówno formy wokalne jak i wokalno‑instrumentalne. W roku 2005 założył zespół wokalny Vox humana. Współpracował z orkiestrą barokową Accademia dell’Arcadia. Z zespołem tym nagrał pięć płyt CD z serii Musica Restituta, poświęcone osiemnastowiecznej kulturze muzycznej Wielkopolski. Orkiestra pod jego kierunkiem dokonała także nagrań trzech płyt z jasnogórskimi muzykaliami, wydanymi w serii Musica claromontana. W 2008 roku ukazał się w Japonii pięciopłytowy album DVD z instrumentalnymi dziełami epoki baroku w wykonaniu orkiestry Accademia dell’ Arcadia pod jego dyrekcją. W roku 2014 prowadził premierowe przedstawienie jednoaktowej opery Scena w karczmie czyli powrót Janka Oskara Kolberga. Pracował jako nauczyciel w PSM I i II stopnia w Zielonej Górze, gdzie prowadził orkiestrę symfoniczną. Współpracuje z Niemiecko-Polską Orkiestrą Młodzieżową. Jest współtwórcą i dyrektorem artystycznym cyklu Magna Opera Sacra, w ramach którego współpracuje z orkiestrą Arte dei Suonatori. Jest dyrygentem Chóru kameralnego Uniwersytetu Zielonogórskiego Cantus humanus. W roku 2014 uzyskał tytuł doktora habilitowanego w zakresie sztuki w dziedzinie dyrygentury. Obecnie pełni funkcję dyrektora Instytutu Muzyki Uniwersytetu Zielonogórskiego.
